Archives de Catégorie: biologie

Tics de biologiste de laboratoire ramenés à la maison #thèsedebio #maviedechercheur

(work in progress)

  • Ranger les choses « à 4°C » au lieu de dire « ranger dans le frigidaire » comme tout le monde. Et à « -20°C » pour le congélateur
  • Marquer ses affaires (stylos, règles, ordis) avec du scotch et ton prénom ou nom ou initiales dessus
  • Rendre étanches tes bocaux etc. avec du Parafilm (j’en ai piqué qqs mètres en quittant de mon labo. Puis je me suis dit que j’en aurais jamais assez. Donc je radine à l’utiliser. #fail)
  • Noter la date des choses que tu ranges au frigo ou au congélo avec un marqueur indélébile sur la boite/le sac en plastique
  • Avoir toujours plusieurs marqueurs de couleurs et épaisseurs différentes chez toi
  • Noter son nom sur les verres en plastique en soirée (avec un marqueur indélébilie)
  • « Javeliser » les récipients où des micro-organismes non désirés ont poussé avant de les passer au lave vaisselle

=> Faudrait penser aussi à expliquer pourquoi on fait chacun des trucs dans les labos de bio, à quelles contraintes/usages ça correspond. Démêler ce qui relève du personnel/local et ce qui relève du collectif/généralisable/disciplinaire.

=> Regarder quels tics se font aussi dans les labos d’autres disciplines ou environnements de travail.

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Un séminaire sur la recherche en 2014

Migraine => réveil => cerveau qui mouline : aujourd’hui, c’est tombé sur la recherche et les questions que j’aimerais me poser à partir de la rentrée prochaine. Demain, ça tombera sur quoi ? => se lever, écrire, publier, se recoucher.

Bottom line

Interroger la recherche, ses pratiques, ses méthodologies, en ces temps de fortes turbulences (y-a-t-il eu un moment sans turbulences dans l’histoire de la recherche ?)

La recherche à l’ère des données

Quelles sont les conditions (pratiques, légales, éthiques) de l’ouverture des données de la recherche ? De quelles (types/format de) données s’agit-il selon les disciplines ? Quelle réutilisation possible des données par les chercheurs (quelles méthodos, quels problèmes, quelle pertinence) ? Que faire des gros corpus de données ? Big data = big problems ou big solutions ? Comment constituer des corpus intelligents, y compris à partir de données non initialement pensées pour la recherche (le bel exemple des données de google sur les utilisateurs, dont on peut par exemple tirer les tendances de la grippe saisonnière et bien plus encore) ?

Le crowfunding de la recherche / qui doit payer pour la recherche ?

Quelles conditions, quels risques, quels écueils ? Quelles différences selon les disciplines ? Qu’est-ce que ça veut dire de la recherche et de son fonctionnement (le financement, c’est pas un détail, c’est la condition d’existence de toute chose). Partir de l’analyse de cas réels : de plateformes en fonctionnement et projets financés.

Les outils informatiques et web pour la recherche

Les outils personnels…qui s’interfacent avec les outils des autres. Un exemple classique : faire sa biblio…et en faire profiter qui veut. A quels autres activités peut-on étendre ce fonctionnement ? Les outils permettant la collaboration (à distance, de façon traçable, ..). Quelle articulation entre plein de petits outils sympas mais très spécifiques/spécialisés ?

La recherche et les non-chercheurs / la recherche participative, etc.

Quelle place pour les non-chercheurs (ou les chercheurs non professionnels) dans l’effort de recherche ? Quels outils, quels projets ? Citizen science, expertise profane : quel rôle pour les citoyens non chercheurs ?

Les digitial humanities/humanités numériques

Des humanités non numériques vont-elles continuer à exister (pourquoi, comment) ? Qu’allons-nous faire des chercheurs qui restent sur le bord de la route ? Quelle signification de cette « numérisation » dans la longue histoire des humanités ?

La recherche et les hackers/le hacking de la recherche ?

Si hacker c’est bidouiller, repousser les frontières et libérer/rendre public, quelles différence avec la recherche ? Quelles collaborations possibles ? Quelles pierres d’achoppement ?

(un peu à côté) Pourquoi tellement de bêtises sont dites autour du hacking de la biologie/ »DIY biology » (j’y suis forcément plus sensible…) ? Ouvrir sans pour autant dire n’importe quoi est-il possible ?

La recherche et l’enseignement

Que penser d’une recherche coupée de l’enseignement (le cas dans les EPST) et comment envisager un enseignement supérieur sans recherche (le cas des prépas et partiellement des écoles d’ingénieur) tandis que recherche et enseignement supérieur ont fait un si long chemin ensemble dans le cadre de l’Université (au sens universel, depuis le début de l’institution, et dans le monde entier) ? Faire intervenir Yves Couder car il a de belles histoires à raconter sur le rôle de l’enseignement dans sa recherche.

Que peut apporter la recherche à l’éducation des enfants ? Ce qui est pertinent est-il les résultats de la recherche ou la méthodologie ? Partir d’exemples concrets.

L’articulation expérience, modélisation et théorie

On ne peut plus choisir, on doit articuler les différentes démarches. Comment, selon la discipline et le degré d’avancement de chacune des approches. Comment se retrouver autour de questions communes, comment articuler les méthodologies pour faire avancer le schmilblick.

Notes sur la forme de ce document

Il me faut un outil qui me permette de publier au fur et à mesure mes pensées. Sans avoir à choisir en amont un outil de publication (aujourd’hui, j’écris dans Twitter, dans Tumblr ou dans WordPress ?). Qui enregistre et rend accessible tous les logs/mises à jour/modifications/commentaires… Comment articuler la prise de notes au fil de sa pensée et sa publication en ligne ?

Comment supporter que publier sur WordPress (par exemple) ne permette pas d’intégrer des commentaires dans le paragraphe même dont il est question (comme dans Word ou un google doc) ? Comment supporter que seuls les Pads permettent de savoir qui a écrit quelle ligne (couleur différente) mais ne permettent pas d’intégrer des commentaires en marge ? Comment accepter qu’il faille choisir un de ces outils et qu’on ne puisse pas disposer de ces différentes fonctions en même temps dans un outil libre de son choix ?

Org-mode fait-il partie de la solution ? Aurais-je le niveau de technicité suffisant (et la persévérance) pour en faire un outil qui réponde à certains de ces besoins ?

Note sur l’usage de ce document

A voir plus tard. Toujours à la recherche d’un espace où je puisse tenir salon (avec des invités !), mon salon est trop petit et le local sur lequel je lorgne pour Deuxieme labo depuis des années ne m’échoit toujours pas.

Les biologistes et leurs organismes modèles… #absurdeinside

On me demande parfois pourquoi j’ai arrêté la biologie.

Voilà, pour ceux qui comprendront, un élément de réponse (( les éléments sont nombreux, si j’attends de les rassembler tous pour faire un joli papier complet, on n’est pas sortis, et vous le savez )):

(texte complet ici)

Aussi loin que je me souvienne, ce genre de phrases (et donc de dispositifs expérimentaux) m’ont paru absurdes. Je n’ai jamais été suffisamment la tête dans le guidon pour y croire. On m’a souvent reproché (ou alors c’est moi qui sentais qu’on me reprochait, dans le milieu de la recherche) de ne pas décider si j’étais « dedans ou dehors, il faut choisir » (référence à Schneidermann/Plenel). Et tant que la mentalité dominante et celle-ci, j’ai fait mon choix (et je suis HEUREUSE).

En fait, peut-être que je déforme mes souvenirs. Je n’ai pas dû d’emblée trouver ce genre de dispositifs absurdes. Essayer de comprendre comment marche le récepteur humain en clonant le récepteur de poisson dans une levure. Je pense que la biologie qu’on apprend en prépa puis à la fac ne m’avait pas tout à fait préparée à trouver ce genre de dispositifs courants et anodins, que j’ai donc eu un temps d’adaptation quand je suis arrivée en DEA dans le labo où j’ai commencé à faire de la recherche, et donc, lire des articles scientifiques décrivant ce type de dispositifs et ce qu’on peut en tirer d’informatif…

Pour finir, un extrait de la discussion provoquée sur twitter (en attendant les vrais bons outils qui vont permettre de correctement visualiser les discussions…) :

Scoop de Miroslav Radman : « voir toutes les mutations qui apparaissent »

C’etait pendant la soutenance de thèse de Francesca Merlin le 8 juin dernier, soutenance dont je voulais longuement parler, mais voilà, le tps passe, et les sujets attendent….

En résumé, elle a fait une brillantissime soutenance (ppt bientôt ici si elle est ok), le jury était dur tout en étant très élogieux. C’etait super interessant et inscructif, mais j’ai pas tout compris…

Miroslav Radman, membre du jury (examinateur) a fait une intervention assez folklorique, qui a mis mal à l’aise et bien fait rigoler les philosophes des sciences (et scientifiques comme moi ?) présents dans la salle.

Mais (vu le titre du billet, et comme je veux (enfin!) twitter ce scoop avant qu’il ne soit publié plus sérieusement), je ne vais pas détailler tout de suite les différentes énormités qu’il nous a servies (mais si vous insistez, promis je mets mes notes au propre, car ça vaut le détour–sauf si plus rien ne vous étonne de MR ?)

Voilà le scoop tel qu’il l’a annoncé (et tel que j’ai pris mes notes, et tel que j’en ai bavardé au pot avec Michel Morange, perplexe comme moi) (mais il rappellait que « dans cette équipe, ils sont très astucieux »):

« J’ai le plaisir de vous annoncer qu’on a une méthode  fluorescente pour voir chaque nouvelle mutation. On peut donc les compter, qu’elles soient retenues (par la selection naturelle, ndlr) ou pas. Cela sera publié dans 2-3 mois »

Michel Morange m’a dit que M. Radman avait parlé de la découverte (espérons-le en termes plus scientifiques et rigoureux) à un congrès (?) à Vancouver (dont MR racontait qu’il revenait exprès pour la soutenance, justement).

Mes questions:

  • Dans quel bêbête on se place ? Coli ou un phage ? ou ?
  • De quelles mutations parle-t-on ? les mutations ponctuelles ?
  • Pourquoi ça parait si difficile de voir TOUTES les mutations ? Pour plein de raisons. Déjà 1 mutation (ponctuelle), c’est au niveau d’une molécule, donc comment « voir » ça ? il faut amplifier l’adn muté et/ou amplifier le signal fluorescent. D’autre part, comment distinguer, biochimiquement, au moment où se fait la mutation, entre le brin muté et le brin d’origine ? Puisqu’il faut qu’on ait un signal quand on a mutation (ie pas de signal avant ni à côté)…Ceci dit, voir toutes les mutations, ne veut pas dire les voir au moment même où elles aparaissent.

Amis biologistes molécularistes (moi ça fait trop longtemps), j’attends vos idées :
1/ Comment feriez-vous ?
2/ Pourquoi n’a-ton jamais réussi jusqu’à aujourdhui, où se trouvent/aient les verrous techniques ?